Ngày 12 tháng 11 năm 1968, Bộ trưởng Quốc phòng Mỹ Clark Clifford công khai cảnh cáo Nguyễn Văn Thiệu rằng nếu ông không tham dự Hòa đàm Paris, Hoa Kỳ sẽ hành động một mình và không cần đến ông. Phía Sài Gòn coi thông tin đó là ẩn ý Hoa Kỳ có thể gây đảo chính lật đổ Nguyễn Văn Thiệu. Tác giả Seymour Hersh, sau khi đúc kết các tài liệu về vụ này cho hay rằng sau cuộc bầu cử 1968, chính ông Kissinger đã báo động cho phía Nixon về mưu đồ của Clark Clifford và cảnh báo: "Nếu ông Thiệu chịu chung một số phận với ông Diệm thì tất cả các dân tộc trên thế giới sẽ nghĩ rằng làm kẻ thù của Mỹ có thể là nguy hiểm, chứ làm bạn với Mỹ chắc chắn là chết".[25]

Nguyễn Văn Thiệu phản đối quyết liệt việc Mỹ ký kết Hiệp định Paris vào lúc đó, vì theo ông việc đó sẽ làm cho Việt Nam Dân chủ Cộng hòa có được lợi thế đáng kể so với Việt Nam Cộng hòa. Cụ thể là người Mỹ sẽ chấm dứt những cam kết và ủng hộ của mình đối với Việt Nam Cộng hòa, đồng nghĩa với việc viện trợ cho chính phủ của ông bị cắt giảm và ưu thế quân sự sẽ nghiêng về phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Theo quyển Võ Nguyên Giáp - Tổng tập hồi ký của đối phương thì hãng AP dẫn lời của Nguyễn Văn Thiệu vào tháng 8 năm 1972 kêu gọi Mỹ "hãy ném bom tan nát miền Bắc Việt Nam". Cuối cùng, Mỹ đã thực hiện mong muốn đó của ông bằng chiến dịch Linebacker II, huy động 200 chiếc B-52 ném bom trải thảm miền Bắc Việt Nam suốt 12 ngày đêm. Cuốn hồi ký của Võ Nguyên Giáp cũng dẫn bài trên báo Nhân đạo (L'humanité) của Pháp bình luận rằng: "Ngay cả trong Chiến tranh thế giới thứ hai, những viên tướng Pháp phản bội cũng không dám đề nghị đồng minh của chúng (Đức Quốc xã) tàn phá Paris (để ngăn quân Anh-Mỹ). Thế mà nay Thiệu lại muốn Mỹ ném bom tàn phá đất nước mình. Thiệu thật đáng xấu hổ hơn cả sự xấu hổ"[26]

Cuối cùng, chiến dịch Linebacker II đã thất bại và Mỹ đã chấp nhận ký Hiệp định Paris với những điều khoản có lợi cho quân Giải phóng. Nguyễn Văn Thiệu đã cố tình trì hoãn việc đồng ý ký kết hiệp định, nhưng phía Mỹ đã có quyết định dứt khoát về việc này và gây áp lực cho chính phủ của ông, trong thư của Tổng thống Nixon gửi ông vào ngày 16 tháng 1 có đoạn: "Tôi đã quyết định dứt khoát sẽ ký tắt hiệp định vào ngày 23 tháng 1 năm 1973 tại Paris. Nếu cần tôi sẽ làm đúng như nói trên một mình. Trong trường hợp đó tôi phải giải thích công khai rằng chính phủ của ông cản trở hòa bình. Kết quả sẽ là sự chấm dứt không tránh khỏi và lập tức viện trợ kinh tế và quân sự của Hoa Kỳ - và một sự thay đổi nhân sự trong chính phủ của ông khó mà nói trước".

Trong bức thư đề ngày 6 tháng 10 năm 1972, Nixon còn ngầm đe dọa: "Tôi yêu cầu ông cố áp dụng mọi biện pháp để tránh sinh ra sau này một tình huống có thể đưa tới những biến cố tương tự như biến cố mà chúng tôi đã ghê tởm năm 1963 và chính bản thân tôi cũng đã kịch liệt phản đối năm 1968...". Cũng theo cuốn Khi đồng minh tháo chạy của Nguyễn Tiến Hưng, ngày 21 tháng 10 năm 1972, hai chuyên viên trong Hội đồng an ninh quốc gia Mỹ là Roger Morris và Anthony Lake đã viết cho cố vấn an ninh quốc gia Henry Kissinger một phúc trình mà trong đó có nói tới các phương án lật đổ Nguyễn Văn Thiệu. Sau này, Morris xác nhận: "Tôi bảo Tony rằng hai đứa mình phải cho Henry hiểu rõ là ta sẵn sàng thanh toán Thiệu".

Kết quả là Nguyễn Văn Thiệu chấp nhận ký kết hiệp định một cách miễn cưỡng, mặc dù đã được chính phủ của Tổng thống Nixon cam kết sẽ đảm bảo sự tồn tại của Việt Nam Cộng hòa, Nixon cũng bí mật cam kết với Nguyễn Văn Thiệu rằng sẽ khôi phục lại việc Hoa Kỳ cho B-52 ném bom không kích chống lại bắc Việt Nam để trả đũa cho bất kỳ cuộc tấn công tăng cường nào của những người cộng sản. Nhưng Nixon đã từ chức trước khi kết thúc nhiệm kỳ của mình, và những lời hứa của Nixon cũng không bao giờ được thực hiện.

Trả lời phỏng vấn đài ABC của Mỹ ngày 31 tháng 1 năm 1975, ông Thiệu nói Hiệp định Paris đã không công bằng về hòa bình (nguyên văn: unfair), vì miền Bắc Việt Nam có quyền tự do phát triển kinh tế, có hòa bình, lại có thể điều quân và vũ khí vào miền Nam mà không chịu bất kỳ phản ứng nào của Hoa Kỳ, trong khi Việt Nam Cộng hòa thì phải cố chống đỡ.

Trong bản ghi âm được giải mật sau này về cuộc trao đổi giữa Tổng thống Mỹ Richard Nixon và ngoại trưởng Henry Kissinger, Nixon nói rõ việc ông quyết định sẽ bỏ mặc "đứa con" Việt Nam Cộng hòa để có thể thoát khỏi cuộc chiến ở Việt Nam.[27]

Ngày 23 tháng 1 năm 1973, Nguyễn Văn Thiệu đã ban hành Công điện số 004-TT/CĐ gửi Thủ tướng chính phủ, các đô, tỉnh, thị trưởng, Tổng Tham mưu trưởng và Tư lệnh các Quân đoàn, quân khu "ra lệnh treo cờ trên toàn quốc" nhằm "tràn ngập lãnh thổ bằng cờ quốc gia để xác nhận phần đất và phần dân".[28] Trong đó ấn định ngày giờ cụ thể: "Ngày giờ có thể là 12 giờ trưa, ngày thứ Tư, 24 tháng 1 năm 1973. Ngày giờ này sẽ được xác nhận vào sáng thứ Tư, 24 tháng 1 năm 1973 vừa bằng công điện vừa bằng hai đài phát thanh quốc gia và quân đội".[28] Cùng ngày, thực hiện công điện của Nguyễn Văn Thiệu, tướng Cao Văn Viên, Tổng Tham mưu trưởng quân lực Việt Nam Cộng hòa ra lệnh cho quân lực Việt Nam Cộng hòa thực hiện chiến dịch "Tràn ngập lãnh thổ". Cụ thể: "Yêu cầu các nơi nhận lãnh ngay Quốc kỳ tại cơ quan tiếp vận liên hệ. Theo tiêu chuẩn mỗi quân nhân ba lá và phân phối cho toàn thể quân nhân các đơn vị hành quân. Thực hiện cắm cờ trong vùng hành quân tại các vị trí trọng yếu: Đình, chùa, nhà thờ, trường học, cầu cống, đồi núi, cao điểm, nhà dân chúng…"[29] Bằng hành động được coi là sự vi phạm Hiệp định Paris này, Nguyễn Văn Thiệu hy vọng quân Việt Nam Cộng Hòa có thể kiểm soát thêm một số lãnh thổ trước khi quân Mỹ rút khỏi Việt Nam.